L’histoire de S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky déplace les joueurs une année avant les événements du S.T.A.L.K.E.R. original, en 2011.

Un groupe de s.t.a.l.k.e.r.s. a pour la première fois atteint le cœur de la Zone – le réacteur nucléaire de Tchernobyl, provocant un cataclysme qui porte la région au bord de la catastrophe. La Zone subit un changement radical suite à une activité énergétique anormale. Désormais, aucune route n’est sûre et encore moins sécurisée. L’ensemble des niveaux se désintègrent sous les anomalies énergétiques qui jaillissent de partout. Des Stalkers et même des expéditions disparaissent ou se perdent sans espoir de retour dans les territoires abandonnés. Suite à l’émergence de la Zone, des territoires totalement nouveaux apparaissent sur les cartes. La Zone est parcouru de tremblements et de soubresauts. Elle est instable. L’activité anormale est à son paroxysme.

Les changements sur la carte de la Zone connus des stalkers mettent en péril l’équilibre des forces sur le terrain. Des heurts opposent les différents groupes pour l’acquisition des nouveaux territoires, les champs d’artefact et les sphères d’influence. Il n’y a plus ni ami, ni ennemi, chacun roule pour lui-même. La Guerre des Factions a commencé.

Le protagoniste est un mercenaire qui apparaît au moment où l’opposition est à son plus fort entre les factions stalker, Strelok et la Zone elle-même. Le personnage principal sera l’élément clé dans les évènements à venir, qui conduira à la création de la Zone comme elle est définie au commencement du jeu original S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl.

Qu’est-ce qui attend les s.t.a.l.k.e.r.s dans les profondeurs béantes de la Zone ? Quels nouveaux défis devront-ils relever dans les nouveaux territoires ? Pourquoi la Zone est-elle encore parcourue de soubresauts ? Qu’est-ce qui a provoqué l’évolution de la Zone ? Comment la rendre plus stable ? Quelle faction va l’emporter sur l’opposition du clan ? Pourquoi Strelok finit-il dans le transporteur ? Que lui est-il arrivé avant cela ? Quelles étaient les éventuelles alternatives ? Toutes ces questions (et nombre d’autres) trouvent leurs réponses dans le préquelle officiel S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky.